Ulostenäytteen bakteeripatogeenien tunnistaminen molekyylibiologisilla menetelmillä
Huttu, Marika (2016)
Huttu, Marika
Tampereen ammattikorkeakoulu
2016
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2016121420467
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2016121420467
Tiivistelmä
Ripuli on maailmanlaajuisesti yleisimpiä kuolemaan johtavia infektiosairauksia. Erityisesti kehitysmaissa ripulitaudit ovat jokapäiväinen kaikenikäisten ongelma. Aikuisilla ripulitautien merkitys on matkailun johdosta suuri. Matkailijoiden ripulitapauksista bakteerit aiheuttavat jopa 80 prosenttia tautitapauksista. Suomessa yleisimpiä suolistopatogeenejä eli bakteeriripulin taudinaiheuttajia ovat salmonellat, shigellat, yersiniat ja kampylobakteerit. Perinteisesti bakteeriperäiseksi epäillyn akuutin ripulin etiologian selvittämiseen on käytetty ulosteen bakteeriviljelyä (F – BaktVi1).
Fimlab Laboratoriot Oy:n kliinisen mikrobiologian yksikössä on tavoitteena tulevaisuudessa käyttää bakteeriperäisen akuutin ripulin diagnostiikassa PCR-pohjaista bakteerien tunnistusmenetelmää. Tällä hetkellä käytössä ovat viljelymenetelmiin perustuvat testit. Opinnäytetyön tarkoituksena oli testata kahden eri valmistajan PCR-menetelmää ja verrata niiden antamia tuloksia käytössä olevan viljelymenetelmän tuloksiin. Opinnäytetyön tehtävinä oli selvittää, kuinka yhdenmukaisia PCR-menetelmillä ja viljelymenetelmällä saadut tulokset ovat keskenään sekä pohtia kumpi PCR-menetelmistä on käyttöominaisuuksiltaan parempi.
PCR-menetelmien testauksessa käytettiin nukleiinihappojen eristykseen Abbott m2000sp -laitetta. Käytettävä aineisto rajattiin 170 näytteeksi. Testattavina PCR-menetelminä olivat kaupalliset Allplex™ GI-Bacteria(I) Assay (Seegene) - ja Amplidiag® Bacterial GE (Mobidiag) -tutkimuspakkaukset. Analysoitavat näytteet määritettiin Bio-Rad CFX96™ Real- Time System -laitteella. Referenssimenetelmänä oli perinteinen viljelymenetelmä.
Tuloksia käsiteltiin taulukon, kuvioiden ja sanallisen analysoinnin avulla. Tulosten perusteella PCR-menetelmillä tunnistettiin Shigella, Campylobacter ja Yersinia viljelymenetelmää paremmin. Salmonellan osalta viljelymenetelmä oli PCR-menetelmiä herkempi. Käyttöominaisuuksissa ei ollut merkittäviä eroja PCR-menetelmien välillä.
Fimlab Laboratoriot Oy:n kliinisen mikrobiologian yksikössä on tavoitteena tulevaisuudessa käyttää bakteeriperäisen akuutin ripulin diagnostiikassa PCR-pohjaista bakteerien tunnistusmenetelmää. Tällä hetkellä käytössä ovat viljelymenetelmiin perustuvat testit. Opinnäytetyön tarkoituksena oli testata kahden eri valmistajan PCR-menetelmää ja verrata niiden antamia tuloksia käytössä olevan viljelymenetelmän tuloksiin. Opinnäytetyön tehtävinä oli selvittää, kuinka yhdenmukaisia PCR-menetelmillä ja viljelymenetelmällä saadut tulokset ovat keskenään sekä pohtia kumpi PCR-menetelmistä on käyttöominaisuuksiltaan parempi.
PCR-menetelmien testauksessa käytettiin nukleiinihappojen eristykseen Abbott m2000sp -laitetta. Käytettävä aineisto rajattiin 170 näytteeksi. Testattavina PCR-menetelminä olivat kaupalliset Allplex™ GI-Bacteria(I) Assay (Seegene) - ja Amplidiag® Bacterial GE (Mobidiag) -tutkimuspakkaukset. Analysoitavat näytteet määritettiin Bio-Rad CFX96™ Real- Time System -laitteella. Referenssimenetelmänä oli perinteinen viljelymenetelmä.
Tuloksia käsiteltiin taulukon, kuvioiden ja sanallisen analysoinnin avulla. Tulosten perusteella PCR-menetelmillä tunnistettiin Shigella, Campylobacter ja Yersinia viljelymenetelmää paremmin. Salmonellan osalta viljelymenetelmä oli PCR-menetelmiä herkempi. Käyttöominaisuuksissa ei ollut merkittäviä eroja PCR-menetelmien välillä.