TT-kuvien segmentointi lääketieteelliseen 3D-pikamallinnukseen : Työohje
Kilponen, Raija; Isokääntä, Johanna (2017)
Kilponen, Raija
Isokääntä, Johanna
Oulun ammattikorkeakoulu
2017
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201702011839
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201702011839
Tiivistelmä
3D-pikamallinnusmenetelmällä voidaan lääketieteellisten kuvien perusteella luoda fyysisiä malleja anatomisista rakenteista. Segmentointi on tärkeä vaihe 3D-pikamallien valmistusprosessissa. Lääketieteellisissä kuvissa on paljon sellaista kuvainformaatiota, jota ei haluta mukaan tulostettavaan 3D-malliin. Segmentointiohjelman avulla kuvista voidaan poistaa nämä tulostettavan mallin kannalta turhat rakenteet. Kuvaa voidaan käsitellä segmentoimalla niin, että kuvaan jäävät esimerkiksi vain luiset rakenteet.
Projektimme tavoitteena oli selvittää avoimen lähdekoodin ohjelmistojen soveltuvuutta lääketieteellisten kuvien segmentointiin 3D-pikamallinnusta varten sekä tuottaa työohje segmentoinnille. Työohjeesta pyrimme tekemään selkeäkielisen, loogisesti etenevän askel-askeleelta ohjeen, niin että ohjelman toimintaan perehtymätön käyttäjä pystyy segmentoimaan lääketieteellisiä TT-kuvia sekä tuottamaan STL-tiedoston luisten anatomisten rakenteiden 3D-pikamallinnusta varten. Lisäksi tavoitteena oli selvittää asettavatko viranomaismääräykset rajoituksia avoimen lähdekoodin käytölle lääketieteellisten kuvien segmentoinnissa ja mitä vaatimuksia on segmentointia tekevälle työntekijälle.
Perehdyimme aiheeseen artikkeleiden ja internetsivustojen avulla. Ohjelman valinnan teimme vertailemalla eri avoimen lähdekoodin segmentointiohjelmien ominaisuuksia ohjelmien internetsivujen ja esittelyvideoiden perusteella. Lisäksi vertailimme ohjelmien käyttökokemuksia internetin keskustelupalstoilla.
Valintaprosessin tuloksena päädyimme tekemään segmentointityöohjeen 3D Slicer -ohjelmalle. Segmentointityöohje on projektimme lopputuote ja sitä voidaan hyödyntää lääketieteellisten 3D-pikamallien valmistuksessa. 3D-pikamalleja voidaan käyttää esimerkiksi kirurgisten leikkausten suunnittelussa, mikä auttaa lyhentämään leikkausaikoja.
Jatkokehityksenä voisi perehtyä saatavilla oleviin avoimen lähdekoodin 3D-editointiohjelmiin ja tutkia niiden hyödyntämismahdollisuuksia segmentoitujen lääketieteellisten kuvien jälkikäsittelyssä ja kuvien tarkkuuden parantamisessa 3D-pikamallinnusta varten.
Projektimme tavoitteena oli selvittää avoimen lähdekoodin ohjelmistojen soveltuvuutta lääketieteellisten kuvien segmentointiin 3D-pikamallinnusta varten sekä tuottaa työohje segmentoinnille. Työohjeesta pyrimme tekemään selkeäkielisen, loogisesti etenevän askel-askeleelta ohjeen, niin että ohjelman toimintaan perehtymätön käyttäjä pystyy segmentoimaan lääketieteellisiä TT-kuvia sekä tuottamaan STL-tiedoston luisten anatomisten rakenteiden 3D-pikamallinnusta varten. Lisäksi tavoitteena oli selvittää asettavatko viranomaismääräykset rajoituksia avoimen lähdekoodin käytölle lääketieteellisten kuvien segmentoinnissa ja mitä vaatimuksia on segmentointia tekevälle työntekijälle.
Perehdyimme aiheeseen artikkeleiden ja internetsivustojen avulla. Ohjelman valinnan teimme vertailemalla eri avoimen lähdekoodin segmentointiohjelmien ominaisuuksia ohjelmien internetsivujen ja esittelyvideoiden perusteella. Lisäksi vertailimme ohjelmien käyttökokemuksia internetin keskustelupalstoilla.
Valintaprosessin tuloksena päädyimme tekemään segmentointityöohjeen 3D Slicer -ohjelmalle. Segmentointityöohje on projektimme lopputuote ja sitä voidaan hyödyntää lääketieteellisten 3D-pikamallien valmistuksessa. 3D-pikamalleja voidaan käyttää esimerkiksi kirurgisten leikkausten suunnittelussa, mikä auttaa lyhentämään leikkausaikoja.
Jatkokehityksenä voisi perehtyä saatavilla oleviin avoimen lähdekoodin 3D-editointiohjelmiin ja tutkia niiden hyödyntämismahdollisuuksia segmentoitujen lääketieteellisten kuvien jälkikäsittelyssä ja kuvien tarkkuuden parantamisessa 3D-pikamallinnusta varten.