Yksilöntunnistus suoraan verestä tehtävällä polymeraasiketjureaktiolla genotyyppimäärityksen laadunvarmennukseen
Sirjala, Janika (2017)
Sirjala, Janika
Metropolia Ammattikorkeakoulu
2017
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201705056476
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201705056476
Tiivistelmä
Yksilöntunnistusta käytetään esimerkiksi rikostutkinnassa ja isyystesteissä sekä elinsiir-toelinten luovuttajia etsiessä. Tässä työssä oli tarkoitus optimoida rutiinitoimeksi tulevaa yksilöntunnistusmenetelmää yksilön ja tästä genotyyppimääritykseen saapuvan näytteen yhteneväisyyden varmentamiseen. Kehitettävän yksilöntunnistusmenetelmän on tarkoituk-sena toimia genotyyppitulosten laaduntarkkailun välineenä, kun muita luotettavia varmen-nuskeinoja ei ole. Näytteenkäsittelyssä on aina riski näytteen tai näytekirjausten sekaantu-miseen, jolloin yksilön genotyyppi ei vastaa todellisuudessa yksilöä. Tämä saattaa johtaa vääriin tulkintoihin henkilön terveydestä tai häiritä tuloksiin perustuvien tutkimusten onnis-tumista.
Polymeeraasiketjureaktio (PCR) tehdään yleensä eristetylle DNA:lle. Reaktio vaatii tarkkaa optimointia muun muassa monistettavan DNA-jakson pituuden, alukkeiden määrän sekä kiinnittymiskohdan suhteen. Myös mahdolliset epäpuhtaudet häiritsevät tai voivat estää reaktiota tapahtumasta. Suoraan verestä tehtävän PCR:n haasteita ovat arvaamattomat reaktio-olosuhteet veren sisältämien soluaineksen, valkuaisaineiden ja muiden epäpuhtauk-sien takia. Suoraan verinäytteestä puskuriin liuotetun näytteen DNA-konsentraatiota ei myöskään tunneta.
Tämän insinöörityön tarkoituksena oli kehittää Suomen molekyylilääketieteen instituutin (FIMM) teknologiakeskukselle genotyypityslaboratorioon yksilöntunnistusmenetelmää suo-raan verestä tehtävän PCR:n avulla. Menetelmän kehitys on aloitettu aikaisemmin tutkija Päivi Lahermon johdolla. Tässä työssä oli tarkoituksena optimoida PCR-reaktioon tarvitta-van näytteen määrää ja käsittelytapoja sekä käytettyjen markkerien toimivuutta. Lisäksi arvioidaan tilastollisesti yksilöntunnistamiseen vaadittavien SNP (Single Nucleotide Poly-morphism)-markkerien lukumäärää.
Tässä työssä käytettiin 27 SNP-markkeria yhteensä 46 näytteelle kolmessa eri ajossa. Näytetilavuutta saatiin optimoinnilla parempaan suuntaan ja näytesäilytykseen kehitettiin uusi tapa. Yksilöntunnistusmenetelmää saatiin kehitettyä toivottuun suuntaan ja menetel-mää voidaan jatkossa käyttää yksilöntunnistamiseen insinöörityössä testatuilla markkerien lukumäärillä.
Polymeeraasiketjureaktio (PCR) tehdään yleensä eristetylle DNA:lle. Reaktio vaatii tarkkaa optimointia muun muassa monistettavan DNA-jakson pituuden, alukkeiden määrän sekä kiinnittymiskohdan suhteen. Myös mahdolliset epäpuhtaudet häiritsevät tai voivat estää reaktiota tapahtumasta. Suoraan verestä tehtävän PCR:n haasteita ovat arvaamattomat reaktio-olosuhteet veren sisältämien soluaineksen, valkuaisaineiden ja muiden epäpuhtauk-sien takia. Suoraan verinäytteestä puskuriin liuotetun näytteen DNA-konsentraatiota ei myöskään tunneta.
Tämän insinöörityön tarkoituksena oli kehittää Suomen molekyylilääketieteen instituutin (FIMM) teknologiakeskukselle genotyypityslaboratorioon yksilöntunnistusmenetelmää suo-raan verestä tehtävän PCR:n avulla. Menetelmän kehitys on aloitettu aikaisemmin tutkija Päivi Lahermon johdolla. Tässä työssä oli tarkoituksena optimoida PCR-reaktioon tarvitta-van näytteen määrää ja käsittelytapoja sekä käytettyjen markkerien toimivuutta. Lisäksi arvioidaan tilastollisesti yksilöntunnistamiseen vaadittavien SNP (Single Nucleotide Poly-morphism)-markkerien lukumäärää.
Tässä työssä käytettiin 27 SNP-markkeria yhteensä 46 näytteelle kolmessa eri ajossa. Näytetilavuutta saatiin optimoinnilla parempaan suuntaan ja näytesäilytykseen kehitettiin uusi tapa. Yksilöntunnistusmenetelmää saatiin kehitettyä toivottuun suuntaan ja menetel-mää voidaan jatkossa käyttää yksilöntunnistamiseen insinöörityössä testatuilla markkerien lukumäärillä.