Actinobacillus pleuropneumoniaen serotyyppien 1,7,12 ja 3,6,8 PCR-menetelmien validointi
Jokisalo, Jussi (2017)
Jokisalo, Jussi
Seinäjoen ammattikorkeakoulu
2017
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201705168432
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-201705168432
Tiivistelmä
Työ suoritettiin Eviran Seinäjoen toimipisteessä heidän käyttöönsä. Työn tarkoitus oli pystyttää ja validoida toimivat multiplex-PCR -menetelmät Actinobacillus pleuropneumoniae -bakteerin serotyypeille 1,7,12 ja 3,6,8. Työssä tutustutaan kyseisen bakteerin ominaisuuksiin ja serotyyppeihin, sen aiheuttamaan tautiin sekä sen hoitamiseen ja kontrolloimiseen käytettäviä keinoja. Perehdytään myös PCR:n perusteisiin, reagensseihin sekä käyttötarkoituksiin ja -sovelluksiin, PCR:ää hyödynnetään muun muassa patogeenien DNA:n havaitsemiseen näytteestä. PCR tulosten lukemisessa hyödynnettiin agaroosielektroforeesi-ajolaitetta, jolla PCR tuotteet saadaan eroteltua toisistaan. Työssä kuvataan tapahtunut validointi, perehdytään ongelmiin ja esitetään näille saadut ratkaisut. Lopuksi esitetään menetelmän kuvaus ja työn kulku, mitä tehtiin ja miten tehtiin, sekä saatuja tyypitystuloksia validoituja menetelmiä käytettäessä. Validoinnissa onnistuttiin ja menetelmä saatiin käyttöön työnantajalle. Ylimääräisiä tuotteita kuitenkin esiintyi, mutta näiden ei kuitenkaan katsottu häiritsevän tulosten lukua ja tyypittämistä, koska ne eivät olleet päällekkäin haluttujen tuotteiden kanssa ja esiintyivät vain tietyillä serotyypeillä. Työn aikana valmistetut validointiraportit ovat liitteinä 1 ja 2.