Kuusen lahottajasieniyhteisön tutkiminen DNA-menetelmillä
Häyrynen, Matias (2011)
Häyrynen, Matias
Jyväskylän ammattikorkeakoulu
2011
All rights reserved
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2011061412066
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2011061412066
Tiivistelmä
Tämä opinnäytetyö tehtiin metsäntutkimuslaitoksella Vantaan toimipisteessä metsäpatologian osastolla. Tarkoituksena oli tutkia Padasjoen kuntaan kuuluvan Vesijaon luonnonsuojelualueen lahottajasienilajien monimuotoisuuden muutosta kaatuneiden kuusirunkojen lahotessa, sekä selvittää lahottajasienien lajit molekyylibiologisilla menetelmillä.
Aluksi näytekiekoista poratusta puupurusta eristettiin DNA käyttäen kaupallista DNA-eristyskittiä. Sienien DNA:ta monistettiin jatkotutkimuksia varten PCR- menetelmällä ja sieniyhteisöjä voitiin tutkia denaturoivalla gradientti geeli elektroforeesilla (DGGE). DGGE:stä saatujen tulosten perusteella voitiin valita parhaiten lajiston monimuotoisuutta kuvaavat lajit. Näiden lajien DNA- sekvenssi selvittettiin sekvensoimalla, joka tapahtui yrityksessä nimeltä Macrogen. Sekvensoitujen lajien lajinimet määritettiin vertaamalla näytteiden sekvenssejä nukleotidisekvenssitietokantaan (NCBI). Näytekiekoista määritettiin myös muita muuttujia, kuten puun tiheys ja kosteus, ja niiden vaikutusta lajiston monimuotoisuuteen tarkasteltiin. Moniulotteista skaalausta käytettiin havainnollistamaan sienilajiston samankaltaisuutta lahoamisasteeltaan samanlaisissa puun rungoissa. Apuna oli käytössä tilastotiedeohjelma R.
Lajiston monimuotoisuus saatiin selville, sekä tiheyden ja kosteuden vaikutus lajidiversiteettiin. Lahoasteen kasvaessa lahopuiden tiheys pieneni sekä kosteusprosentti suureni. Samalla sienilajien lukumäärä kasvoi. Tietyillä lahoasteilla olevat näytteet näyttivät ryhmittyneen lähemmäs toisiaan moniuloitteinen skaalaus -kuvaajassa. Tulokset tukivat hypoteesia, että lajisto muuttuu ja monipuolistuu lahosukkession edetessä.
Aluksi näytekiekoista poratusta puupurusta eristettiin DNA käyttäen kaupallista DNA-eristyskittiä. Sienien DNA:ta monistettiin jatkotutkimuksia varten PCR- menetelmällä ja sieniyhteisöjä voitiin tutkia denaturoivalla gradientti geeli elektroforeesilla (DGGE). DGGE:stä saatujen tulosten perusteella voitiin valita parhaiten lajiston monimuotoisuutta kuvaavat lajit. Näiden lajien DNA- sekvenssi selvittettiin sekvensoimalla, joka tapahtui yrityksessä nimeltä Macrogen. Sekvensoitujen lajien lajinimet määritettiin vertaamalla näytteiden sekvenssejä nukleotidisekvenssitietokantaan (NCBI). Näytekiekoista määritettiin myös muita muuttujia, kuten puun tiheys ja kosteus, ja niiden vaikutusta lajiston monimuotoisuuteen tarkasteltiin. Moniulotteista skaalausta käytettiin havainnollistamaan sienilajiston samankaltaisuutta lahoamisasteeltaan samanlaisissa puun rungoissa. Apuna oli käytössä tilastotiedeohjelma R.
Lajiston monimuotoisuus saatiin selville, sekä tiheyden ja kosteuden vaikutus lajidiversiteettiin. Lahoasteen kasvaessa lahopuiden tiheys pieneni sekä kosteusprosentti suureni. Samalla sienilajien lukumäärä kasvoi. Tietyillä lahoasteilla olevat näytteet näyttivät ryhmittyneen lähemmäs toisiaan moniuloitteinen skaalaus -kuvaajassa. Tulokset tukivat hypoteesia, että lajisto muuttuu ja monipuolistuu lahosukkession edetessä.