qRT-PCR-menetelmät COVID-19-taudin diagnostiikassa : kirjallisuuskatsaus
Kauppinen, Aapo; Saaristo, Saku (2021)
Kauppinen, Aapo
Saaristo, Saku
2021
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2021120223199
https://urn.fi/URN:NBN:fi:amk-2021120223199
Tiivistelmä
SARS-CoV-2 on uusi koronavirus, joka on aiheuttanut maailmanlaajuisen pandemian lähdettyään leviämään Wuhanin kaupungista Kiinasta loppuvuonna 2019. Virus on läheistä sukua epidemioita 2000-luvulla aiheuttaneille SARS- ja MERS-koronavirukselle. Sen aiheuttamaa hengitystiesairautta kutsutaan nimellä COVID-19. Pandemian torjunnassa ja hallinnassa keskeistä on nopeiden ja luotettavien diagnostisten menetelmien käyttäminen. qRT-PCR-menetelmät ovat valikoituneet käytetyimmäksi menetelmäksi näiden kriteerien saavuttamiseksi COVID-19-taudin diagnostiikassa.
Opinnäytetyön tarkoitus oli esitellä kootusti COVID-19-taudin qRT-PCR-diagnostiikkaa, epidemiologiaa ja SARS-CoV-2-viruksen rakennetta sekä tehdä kirjallisuuskatsaus viruksen osoittamiseen tarkoitettujen qRT-PCR-menetelmien ominaisuuksien vertailemiseksi. Työn tavoitteena oli vertailla menetelmien eroja kirjallisuuskatsauksen ja meta-analyysin avulla. Opinnäytetyön aihe saatiin Fimlab Laboratoriot Oy:n mikrobiologian laboratoriosta.
Kirjallisuuskatsauksen tulokset osoittivat, että qRT-PCR-menetelmät ovat herkkiä ja tarkkoja SARS-CoV-2-viruksen osoittamiseksi, mutta näytemateriaalilla ja näytteen käsittelyllä on vaikutusta menetelmän herkkyyteen etenkin vähän virusmateriaalia sisältävien näytteiden kohdalla. Diagnostisten menetelmien vertailua toisiinsa vaikeuttaa kultaisen standardin menetelmän puuttuminen, minkä vuoksi on suotavaa käyttää erilaisia laskennallisia yhdistelmästandardeja. Haasteita menetelmien vertailemiseen luovat lisäksi analyyseissä käytettävien näytemateriaalien ja työtapojen eroavaisuudet. Edellä mainituista seikoista huolimatta työmme tukee käsitystä siitä, että qRT-PCR-menetelmät ovat luotettavia COVID-19-taudin diagnostiikassa.
Opinnäytetyön tarkoitus oli esitellä kootusti COVID-19-taudin qRT-PCR-diagnostiikkaa, epidemiologiaa ja SARS-CoV-2-viruksen rakennetta sekä tehdä kirjallisuuskatsaus viruksen osoittamiseen tarkoitettujen qRT-PCR-menetelmien ominaisuuksien vertailemiseksi. Työn tavoitteena oli vertailla menetelmien eroja kirjallisuuskatsauksen ja meta-analyysin avulla. Opinnäytetyön aihe saatiin Fimlab Laboratoriot Oy:n mikrobiologian laboratoriosta.
Kirjallisuuskatsauksen tulokset osoittivat, että qRT-PCR-menetelmät ovat herkkiä ja tarkkoja SARS-CoV-2-viruksen osoittamiseksi, mutta näytemateriaalilla ja näytteen käsittelyllä on vaikutusta menetelmän herkkyyteen etenkin vähän virusmateriaalia sisältävien näytteiden kohdalla. Diagnostisten menetelmien vertailua toisiinsa vaikeuttaa kultaisen standardin menetelmän puuttuminen, minkä vuoksi on suotavaa käyttää erilaisia laskennallisia yhdistelmästandardeja. Haasteita menetelmien vertailemiseen luovat lisäksi analyyseissä käytettävien näytemateriaalien ja työtapojen eroavaisuudet. Edellä mainituista seikoista huolimatta työmme tukee käsitystä siitä, että qRT-PCR-menetelmät ovat luotettavia COVID-19-taudin diagnostiikassa.